教会大学自19世纪末在中国创建成型，到20世纪50年代全国高等学校院系调整时被撤销，其在中国生存、发展的历史不足百年。但是，这不足百年的时间恰恰是中国西化最快、社会变革最剧烈的时期。洋务运动、戊戌变法、义和团运动、废除科举、民国建立、新文化运动……一系列历史事件不仅使中国社会发生了深刻的变化，而且也使中国人对西学有了更深入的了解和更高层次的需求。在这个过程中，西式教育一步步地取代中国封建科举教育，最后成了中国现代教育的主流。在中国教育蜕变乃至文化转型的过程中，教会大学一度起到了开风气、引潮流的作用。
教会大学最直接的一个功能就是把西方高等教育的模式引入了中国。中国传统的科举教育以儒学经典为教学内容，以培养官僚为目标，内容和目标都比较单一。与之相比，教会大学则以传授各类西学（包括物理、化学、天文学、医学、地理、历史、西方文学、神学等）为教学内容，以培养现代社会所需要的各类技术、艺术人才为目标，教学内容多样化，教育目标多元化。
注重人格培养，注重良好的师生关系建设是教会大学的鲜明特色。在中国传统的宗法社会里，老师的地位是崇高的，所谓“天地君亲师”是也。尊师重教自然没错，但在长期的历史演变中，老师的地位因高高在上而显得庄重有余，亲切不足。传教士们来中国办学，他们心目中的师生关系一开始就与中国人那套“天地君亲师”的概念不同。传教士们大都有着强烈的宗教信仰和宗教情怀，认为大家都是“上帝的子民”，要平等相待，与人为善。因此，主持教会大学的校长们往往与学生“打成一片”，师生之间有着一种亲密和谐的人际关系。
在燕京大学学习、工作过的冰心曾写过一篇关于司徒雷登的文章，其中说：“司徒与燕大团体的关系是父母与子女的关系。”新人入燕大，首先受到的就是司徒雷登的礼遇，他努力与每个人建立起密切的“个人关系”。“你添一个孩子，害了场病，过一次生日，死去一个亲人，第一封信、短笺是他寄的，第一盆花是他送的，第一个欢迎微笑，第一句真诚的慰语，都是从他那里来的。”燕大校友回忆，每一个新学年开始，司徒雷登都会在自己居住的临湖轩小院以茶点招待新生，每次招待会开始以前，他都会站在松墙外迎接学生，并同每一个到会的学生握手。
上海圣约翰大学的校长卜济舫也是如此，他待人平易，经常到学生宿舍看望学生，而且几乎每天清晨都会手捧鲜花到医务室的病房中去看望病人。教会大学校长凭借着自己特有的人格魅力，感染着学校里的师生，形成了一种强大的凝聚力。
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