除了残障的苦难和性格的不和，信仰不同、世界观彼此冲突也是霍金与简恩的婚姻恶化的原因之一。2004年，简恩出版了她回忆跟霍金的婚姻生活的书《舞动星宿的乐曲——跟斯第芬一起生活》(书名另译《霍金：前妻回忆录》)，书中不仅坦白地谈及他们婚姻的难处和简恩自己的挣扎，也有大量的篇幅论及他们之间的信仰和世界观的冲突。不过，霍金多年的女秘书在该书出版后公开反驳简恩在书中对霍金的负面描述，并指责简恩照顾霍金并不尽心。
在他们婚姻的早期，简恩和霍金关于信仰的争论还有点夫妻拌嘴的味道，但到后来这方面的冲突越来越激烈、痛苦、具有伤害性，仿佛科学与信仰的战火烧进了婚姻的家门。
每当简恩想跟霍金深入讨论关于科学与信仰的问题时，霍金都抱以嘲讽的微笑，令简恩倍感不被霍金尊重而绝望伤心。他们刚结婚的时候还有一些共同的朋友可以一起享受“谈笑皆鸿儒”的知性愉悦，但到后来霍金的朋友圈子越来越窄，只跟一帮“干燥、无趣、偏执”的“教条主义无神论者”科学家相投，简恩觉得索然寡味。
简恩兴趣广泛，更不是一个愚昧无知、没有思想的妇人。恰恰相反，她有极深的哲学、人文功底，而且因为二十多年受霍金和他的这帮无神论科学家朋友的耳濡目染，她对现代科学（特别是物理、宇宙学）的发展及霍金等人的信仰前设非常了解。在《舞动星宿的乐曲》中简恩对科学与信仰的议题有非常深入的讨论，从中也让人能体会她跟霍金之间的信仰冲突给婚姻带来的裂痕之大、伤害之深。
简恩对霍金的无神论信仰的认识可以说是入木三分。霍金为维护无神信仰提出了“人择理论”来抵抗现代科学发现（特别是大爆炸）指向创造者的“神学意味”。
简恩指出，这不过是因为霍金这样的无神论科学家以把宇宙的起源还原成科学定律和数学公式作为最终目标，对他们来说，上帝的存在是一种“尴尬的障碍”。那种把人类复杂的感情和心理反应，还原成科学公式和分子间的化学反应的还原主义，跟简恩身上的人文气质格格不入。
她说：“音乐、艺术、政治和科学创造中的属灵微妙远远超过任何能植入人脑的、作为一种基本生存机制的原始功能。”简恩不接受理性是认识宇宙的唯一途径，更对一些“以科学教最高祭司自居”的人用科学取代宗教、迷信“科学万能”的傲慢与偏见不以为然。对甚至连人的利他行为也用自然选择来解释的“动物行为论”，简恩不但质疑其科学性，更指出其虚无主义的实质。
霍金不相信上帝，但却相信11维时空、弦论、多宇宙、外星人存在、地球即将毁灭等同样无法实证的理论。简恩形容这是一种“关于想象中的粒子在想象中的时间中穿过魔镜般的宇宙”的“只存在于理论家头脑里”的玄学，并对竟然有人因此膜拜霍金甚至把他视为绝对正确的“神明”而感到悲哀。只有一次在他们夫妻争论信仰问题的时候，霍金承认他的“宇宙科学”跟宗教一样需要“信心的跳跃”。
当霍金不断宣称他的宇宙里没有上帝、对信仰嗤之以鼻的时候，简恩觉得非常讽刺。她说：“我跟霍金一起生活就是以信心为根基的——我相信他的勇气和天赋，相信我们会共同努力，我的信心的终极就是宗教信仰。”
在霍金的残障和他们婚姻的不和带来的苦难之中，简恩在自己的宗教信仰和教会中找到了一些慰籍。苦难也迫使她对恶的来源、对罪、对自由意志等问题有很深刻的思考。但很多时候她也有很深的挣扎。很多时候她困惑地问自己：“上帝到底要我付出什么？他到底要我做出多大的牺牲？”。她努力在“黑暗、痛苦和恐惧之中倚靠上帝”，也试图跟霍金分享自己的心灵感受，但霍金只要一听到“恩慈”、“怜悯”等基督教意味的字眼就怒气冲冲嗤之以鼻，好像受到侮辱一般。
在他眼里这样的“教徒的多愁善感”是懦弱、愚昧的表现，是他最鄙视的失败者的行为。最近几年经历几次“大难不死”后，霍金变得更加桀骜不驯，心变得更加坚硬冰冷，而简恩最终也没能脱离“与不信的人同负一轭”所带来的悲剧。
有一点简恩肯定是对的——人类的心灵如此的奥妙，绝非数、理、化公式可以全然测透。尽管霍金在科学上的成就令人景仰，但他大半生经历残障的苦难，本身已是不幸。
而虽然简恩是基督徒，他们的婚姻最终还是失败，就更是悲哀。这些对霍金的信仰和对上帝的看法到底有什么样的影响，局外人恐怕难以推测。
苦难带给人的心灵的影响各有不同。有些人的心在苦难的磨炼中可能变得更加柔软、对他人更有悲悯、同情和爱心，苦难反而使他们与上帝更加亲近，对上帝的信仰成为他们跨越苦海的桥梁，如台湾女作家杏林子；但也有些人的心在苦难的煎熬中可能变得更加刚硬、冷漠、怨天尤人。
婚姻的难处也是一样。有的夫妻在难处中山穷水尽而不得不呼求上帝，结果反而绝处逢生让婚姻死而复活；但也有的夫妻在彼此的伤害中不能自拔，在怨恨与苦毒的泥沼中越陷越深。
霍金也许是个优秀的科学家，但科学无法给人道德的动力，科学也无法挽救走向死亡的婚姻；简恩也许是个有思想的基督徒，但很多时候即使信仰者也有软弱和无奈。他们两人长年在信仰上的冲突和纠结，跟感情、生活上的不和与纷争交织，最终分道扬镳越走越远，这无疑给围观的我们留下伤感的悲剧。
但这才是真实的人生和人性，物理公式无法还原，11维时空的遐想毫无帮助，粉丝的神化膜拜也终会幻灭梦醒。有时我难免会想，也许，上帝给霍金一个残障的身体和一个失败的婚姻，是为了给我们这些凡夫俗子一些微声提醒？
但愿我们的心灵不会听而不闻。
