当时许多科学家、教授都看不懂牛顿的杰出发现，甚至讥讽为：“又是一群解释天体论的陈腔滥调。”幸好这时有贝若（Isaac Barrow）的支持。
贝若是当时欧洲的光学泰斗，剑桥大学首屈一指的数学与天文教授，是少数能仔细验证牛顿数学与物理观念的人，也是一位基督徒。贝若要求牛顿：“回到物理学上最基本的假设，精密地验证每个假设，一次、一次又一次，几乎无止境地反复验证，并把所有的精力都投入，以免浪费在无用的芝麻小事上。”然后贝若申请退休，让27岁的牛顿接续他的职位，使之成为剑桥大学的教授。
剑桥的教职并不是牛顿的桃花源。当时贝若的职位有多人在背后垂涎，牛顿一接任，立刻体验到大学里面众多的派系纷争、人事倾轧。喜欢安静思考、不爱交际的牛顿，被排挤成为权力圈外的边缘人。
牛顿老友魏克金斯写下：“牛顿看起来更孤独、沉默，30岁不到，头发已经半白。”牛顿立志定睛永恒，不管人家怎么论断和中伤，只把努力放在科学的研究，与对基督的信仰上，而不陷入被中伤后的自怜中。牛顿写下：“我的心经常是认真与安静，不陷入忧郁。”
慢慢的，他将更深的思索与实验结果写成旷出名作《原理》（Principle）一书。这本书不只记载牛顿的科学发现，也反复提到他的“机械论”与神的关系，他说真神与假神的差别是假神没有掌管宇宙，没有不变的旨意，没有最后的判决，属于必朽坏的受造之物。
书中不断提到“掌管”（dominant ）这个字，他认为这是神的属性里，最神圣又最奇妙的，让寻求他的人可以明白；机械论做为神掌管宇宙的法则，是神摆在宇宙里让人明白他能力的法则。爱因为坦说：“宇宙里最奥秘的，就是人竟然可以去明白这个宇宙。”
牛顿在《原理》一书中写着：“如同生来是瞎眼的人不了解光，我们无法明白神的智慧与全能。神的形像没有人看到、听到、接触到，更不是世上必朽坏的假神所能代表，……我们只能在他所创造的万物中了解他，他仍在掌权，我们都在他的掌管下。”
1672年，牛顿加入英国皇家科学协会。《原理》的出版，对欧洲的科学界是一大震憾，引来称赞也招来攻击。虽然如此，牛顿仍在皇家科学会里提出“星球运转椭圆轨道的原理”（1676-1677年），与“万有引力的数学证明”（1680-1684 年）。牛顿说：“一个人如果控制不了自己的脾气，脾气将控制你。”引导牛顿一生的，是信仰而非起伏不定的脾气。”
牛顿身为一个杰出的科学家，喜欢公开表白自己的信仰，又有个不擅与人交际、喜爱独自安静工作的个性，现实的社会对像他这种善良、单纯的人，有时非常残酷。
当时宗教分子攻击他有一流的科学，却有三流的神学；科学分子攻击他有一流的神学，却有三流的科学；政治分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流；有人看他孝顺母亲又终身未婚，就中伤他心理不健全，现今还有人说牛顿有恋母情结；有人看他对学生好，就说他是同性恋。这种种无情的攻击搞得牛顿几乎发疯。
1692年，日内瓦来的拜特教授大力抨击牛顿，谑称他是“伦敦先知”，说：“牛顿的万有引力定律是来自对宗教的默想，而非科学的发现，他必须撇清，如果这是科学就不要写上帝如何如何，如果是与上帝有关的就不要放入科学范畴。”
拜特一开炮，许多人就群起围攻牛顿。平常没有防备的牛顿，几乎赤裸裸地站在科学的刑场上，接受无情的攻击。1693年9月30日牛顿写下：“我陷在极端的难过中。过去12个月，我无心进食也无法安稳地入睡，我心动摇，无法思想。”无情攻击持续下去，1694年有人黑函中伤牛顿与女人搞性关系；1695年牛顿几乎精神失常，各地都传闻牛顿死了。牛顿百口莫辩，更退出人群；他写道：“斯宾塞的《希伯来律法》一书成为我困难中的安慰。”
在英国国王出面，任命他为“英国皇家协会会长”后，这些攻击就突然消失了。
牛顿在以后数十年，根据过去两年半受中伤的经验，坚持给科学界建立“诚实的体系”，而他本身就是最好的模范。
17世纪末，忽然有些基督徒自称是上帝派来的先知，到处呼喊“世界末日就要来了”。这波“世界末日说”传自法国。
短时间内，成千上万的贩夫走卒跟随末世先知，连皇家科学院的一些优秀科学家也趋之若鹜，因为一名优秀的科学家，也可能因着对宗教的无知，陷入异端的泥沼。
牛顿是基督徒，他长期研究《但以理书》与《启示录》，相信《圣经》里提到的这个世界有结束的一天，那是基督耶稣要来审判的时候，但是没有人知道那是哪一天，而且面对末世正确的态度，应该是感恩多于恐惧，坦然多于逃避。
他认为，敬虔的信仰是在热忱中带着节制而非放纵，真正的被圣灵充满是由上帝的灵主动，而不是出于自称先知者近乎催眠与暗示的教导。
牛顿对这批先知的批评，立刻引来许多偏激基督徒苦毒的批评与责骂。这种误解实在伤透牛顿的心。牛顿的一生中有一段漫长的信仰动摇期（1698-1707年），就是在这个时候。
对基督徒而言，来自其他基督徒无情的咒诅，比被一般人伤害更难受。
伤害容易使人走向极端，后来许多人要证明牛顿是无神论者或不可知论者，就是引自牛顿这段时期的言行。不过信仰的成长，本来就不是一帆风顺的，难免常经忧患。
1707年英国国王下令，这批所谓的先知，已经利用宗教得到太多不法利益，便把他们送入伦敦监狱。世界的末日尚未来到，他们的末日倒先来到。自此，末世之风才逐渐平息。
时间往往是最佳的疗伤剂。牛顿从苦境中转回，他的信仰又逐渐坚固，并且能区分信仰的真实与偏激，能够分别顺服在《圣经》真理前与在人话语前的不同，且重新思索物理、数学与光学。他在再版的《原理》上写着：“让人知道我是带着对神的信仰来完成这浩大的工作，是我出版这本书最大的喜悦。”
牛顿晚年名满欧洲，贡献普获肯定。他老年最大的乐趣就是跟小孩玩耍。有一天他对他的小侄儿讲：“我不知道这个世界将来怎么看我，对我而言，我只像海滩边玩耍的男孩，偶然间发现了一粒比较圆的石头和一粒比较漂亮的贝壳，就觉得很愉快，但是在我前面，尚未被发现的石头、贝壳仍然多如大海。”
牛顿死于1727年3月20日，晚年写下：“不管任何环境下，要守住耶稣基督救赎的真理与最大诫命：爱人如己。”
