当代无神论风潮的元帅、英国科学家道金斯(Richard Dawkins)的雄心大志是“科学消灭信仰”。道金斯开门见山声明，他本人只是未知论者，因为他不可能否定上帝的存在。随后，道金斯以革命家的气魄宣布：科学消灭信仰之战乃是自然主义与超自然主义之间的生死决战。
人们对自然主义似乎有点陌生。其实，它的孪生兄弟——唯物主义，你我都很熟悉。传统唯物主义认为，物质（或能量）乃是宇宙间唯独的存在，任何现象（包括知觉）都是物质作用的结果。
二十世纪初，粒子物理和量子力学的发展，显示宇宙间压倒多数的光子、电子等都不能算是物质，这对传统唯物主义的观念好比是釜底抽薪。被认为是现代物理范式的“场论”更是玄妙。物理学家对电磁场的真实存在已感棘手，更不用说作为量子力学之核心的“量子场”和抽象的“概率场”了。
唯物主义在科学的发展过程中已经渐渐失去光彩。自然主义哲学的主张更“科学”一些，其大意是，自然规律掌管自然宇宙之结构和绩效，宇宙乃是这些规律的产物；形而上的自然主义否定超自然的存在，也否定自然的存在有任何目的，并认为凡不能从自然科学去理解的事物都不存在。这让无神论者觉得很贴心。
如果自然主义真是完美的真理，天下就太平了。可是，二十世纪的科学发现，对自然主义哲学也是打击不断。 二十世纪中期，科学史上最重要的两大事件——宇宙大爆炸论和生物DNA结构论同时出现。此后五十年，科学研究所积累的知识，彻底改变了人类的思想和生活。在这些科学知识武装之下，二十一世纪的科学界公认并强调，现代科学面临三大难题：宇宙的起源、生命的起源和知觉的起源。自然主义科学家不敢面对的是，解答这三大难题最合宜的假设，都带有超自然的因素。
先说宇宙大爆炸论。几千年来，哲学家和科学家都对宇宙起源深思不解，多半认为它是永恒的。大爆炸论证明，宇宙在一霎那爆发中诞生，三分钟后基本成形，亿万年后，我们能从大爆炸所遗留的辐射能量，精确地追思和理解宇宙大爆炸时的境况。遗憾的是，科学对大爆炸之后10的负43次方秒以后的情况一目了然，但对这一瞬间之前的情况却永远无法知道。
美国物理学家威尔逊（Robert Wilson）是首先发现大爆炸后遗留辐射能量的两位科学家之一，也因而获得1978年的诺贝尔物理奖。记者请他谈谈得奖感受，他说，圣经《创世记》乃是唯一的一本书，其中关于宇宙起源的记载和宇宙大爆炸论完全吻合。威尔逊似乎对超自然因素十分适应。
再谈DNA结构。英国的克里克（Francis Crick）是首先发现DNA结构的两位科学家之一，也因而得到1962年的诺贝尔医学奖。直径200万分之一毫米的整个DNA结构，展示了生命的奥秘。
发现DNA不但没有解答生命起源之谜，反而加深了生命能够从自然而来的疑惑。克里克的结论是，生命起源几乎是种神迹，因为太多条件必须齐备，生命才能起步。
第三个难题，是当前科学家面临的最大难题：知觉的起源。科学家连他本人知觉的功能都说不清，又怎样谈起源？神经科学权威，获得诺贝尔医学奖的艾格士（John Eccels）说，我们的思维来自两个部门：大脑和心智（brain and mind）。你我的大脑有1000亿个神经细胞，每一个细胞的功能远远胜过一架计算机。这些细胞又靠10000000亿个连接点，构成一个有机的计算机系统。
但是，这物质大脑本身就象一架未启动的计算机，不能引发知觉、更不能产生感觉和思维。当物质大脑将人的感官所得到的外来信息传到非物质的心智，经过分析、对照，心智将如何行动的决策传到大脑，大脑才能将如何反应的指令传到肢体。这样过程必须在一霎间完成，要不然，你看到一株大树向你倒过来时，你来不及躲避。艾格士说，心智和大脑属于两个不同的世界。心智乃是人的智能、个性和灵魂所在，说它是在超自然世界，绝不过份。
前面提到的大科学家克里克，为了自己信奉的无神论信仰，花了毕生精力企图从神经细胞的物理功能来否定超自然灵魂的存在，最后空无所得，失望而归。后人评论克里克的失败原因，是因为他竭力以否认人性来揭示人性的奥秘，结果无路可走。
在科学尽头的这三扇天窗，所通往的方向似乎充满了奥秘和神迹。希望自然规律能够解答这些难题的人，结果不免失望。
达尔文在《物种起源》一书中，遇到进化过程所不能解释的起源问题时，只好借用《圣经》超自然的语言，说:“生命之壮观和它的大能，乃是造物主最初呼入的几种或一种形态……”这令人想起《圣经》旧约在创世纪里记载的上帝造人的过程：上帝先用泥土塑造人，然后在人的鼻孔里吹了一口气，那人就成了有灵的活人。
物理学家威尔逊从圣经得到他科学研究的验证，克里克将科学不解之谜看为神迹，艾格士对灵魂世界有科学的解释。一百五十年来，达尔文和多于牛毛的跟随者想要搭乘自然科学之舟，脱离超自然之水，却遇到一波高过一波的风浪。圣经不是一本科学教科书，却有超科学的潜力。科学所积累的，是研究自然界规律的知识；圣经所记载的，则是超自然历史的知识。历史证明，科学是一本难读的书，超自然的圣经更是。
《圣经》超自然，宗教团体和教会体系则是人手所造，并不全属超自然范畴。道金斯特别清楚这一点，他常以历史上和现代宗教界的黑暗现象来攻击超自然的上帝。
过去，人看到日出日落，天经地义认为太阳绕着地球转。圣经里时常提到天地穹苍，人就联想是指头上的半球形天空，而地球是不移动的中心。五百年前，波兰科学家哥白尼在观察天象时认识到，地球是绕着太阳转。当时没有人能理解哥白尼的发现，哥白尼到临死前才勇敢地发表他的学说。
几十年后，意大利天文学家伽利略发明了望远镜，证实了哥白尼的发现，轰动了罗马教庭。罗马教会开始攻击伽利略，当时有位卡西尼神父在讲道中提醒会众要提防数学的危险，认为伽利略用望远镜向天上看，违背了圣经的教导。
最后，伽利略重病缠身，心力疲惫。面对不可避免的羞辱、囚禁和体刑之威胁，被迫当众下跪，宣布他的“忏悔”之言:“我，伽利略，年迈七十，一个下跪的囚犯……面对各位主教阁下……发誓放弃、咒诅和厌恶地球运行、并非宇宙中心之错误及异端；以及一切违背神圣教会之错误……”
伽利略的故事是个大悲剧。当时的罗马教庭却不惜工本，护卫他们解释圣经的特权和尊严。五百年来，罗马教会有了极大的改革，并为其对伽利略的做法道歉。对二十一世纪的基督徒而言，在解读超自然的《圣经》时不要太固步自封，可能是对伽利略最好的纪念方式。
伽利略本人的这句话可以帮助我们把握面对科学与超自然之事的态度——“圣灵的目的是教导我們怎样运行到天堂，不是天堂怎样运行”。
伽利略的故事是我们理解科学和信仰问题的借鉴。历史的教训是：要彻底读懂科学和圣经这两本书，是不可能的。现代人面临的自然与超自然之间的问题更加复杂，试问：如果宇宙大爆炸能从无到有，在一分钟之内合成宇宙的全部物质班底，难道超自然的上帝不可能在六日内创造宇宙万物？如果超自然的能力可以在无生命的环境中一举设计出DNA生命蓝图，难道不能用长期的、奥妙的演变方法使生命日臻完美？如果有人假设大自然无目的地碰撞能偶然产生人类的道德观念，难道这人不要好好思考超自然上帝的目的和标准？
原文标题：《科学的尽头，神迹的开端》
