根据《今日基督教》（Christianity Today）的报导，印尼在2006年通过“宗教和谐法”。在近10年的时间内，有超过一千间的基督教堂被迫关闭。
这个法律要求宗教少数群体在盖一座教堂前，要有60名基督徒和90名其他信仰的人签名同意。
“这显出宗教和谐法规的失策”，人权观察的研究员哈索诺（AndreasHarsono）在《外交政策》（Foreign Policies）期刊声称：“它歧视少数群体，从而使得占印尼人口大多数的穆斯林强硬派，可以迫使政府关闭教会”。
在2015年10月，印尼的某一省就有穆斯林向当地政府抱怨，有10间非法建造的教堂。当局应允会将这些教堂拆出。但是，在还没有执行前，就出现了一群暴民将一间教堂烧毁。
另一个教会在数年前曾经试图开始一间新的崇拜处所，但它被指控使用假签名，结果，原来的建筑许可也被吊销。
还有另一个案例，一个教会获得当地政府批准建立教堂，但后来又撤销准证。不但如此，官员还将他们原来使用为聚会的建筑使用执照撤销。
“我们所做的，不只为我们的教堂建筑”，教会成员博纳西噶林经（Bona Sigalinggin）告诉《全球邮报》说：“我们所努力尝试的是，要让印尼成为一个全民所有的国家。而不是基于任何一种宗教的国家。”
2013年《人权观察世界报告》报导，在印尼80%的敬拜场所并没有许可证。
约有10%的印尼的人口（大约2350万人）为基督徒。
在《今日基督教》上述的报导的同时，印尼的基督教并没有因为受到这样的打压而逐渐衰退。另外却有一篇令人振奋的消息。印尼虽然是世界上人口最多的穆斯林国家，但是，最近的数年中，每年约有两百万的穆斯林改信了基督教。不错，一年两百万就是说，每15秒就有一个新的基督徒。
环境虽然恶劣，但是，上帝的意念却是高过所有人的企图。这在历史上一再的证明。每当基督徒受到逼迫的时候，就是基督教增长的时候。印尼也不例外。
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